Eesti Linnade Liidu (ELL) kõrgeim organ on Linnade Päev (liidu liikmete esindajate üldkoosolek), mille kutsub kokku liidu 7-liikmeline juhatus vähemalt kord kohaliku omavalitsuse volikogu valimiste vahelisel perioodil.

Linnade Päeva toimumiste vahelisel perioodil täidab Linnade Päeva ülesandeid liidu kõiki liikmeid esindav volikogu. Liidu volikogu pädevuses on liidu tegevussuundade elluviimise ja põhikirjaliste eesmärkide saavutamise korraldamine, aasta tegevuskava kinnitamine, omavalitsuspoliitiliste küsimuste otsustamine ja liidu tegevuse muude küsimuste otsustamine. Liidu volikogu töövorm on koosolek. Liidu volikogu koosoleku kutsub kokku juhatus vähemalt kord kvartalis. Liidu volikogu koosolekut juhatab juhatuse esimees või tema äraolekul üks aseesimeestest.

Liitu juhib ja esindab juhatus, milles on 7 liiget. Juhatuse valib liidu volikogu oma liikmete hulgast. Juhatuse pädevuses on liidu volikogus ja Linnade Päeval arutatavate küsimuste ettevalmistamine, õigusaktide eelnõude kooskõlastamise korraldamine, avalikkuse informeerimine liidu tegevusest ja teised põhikirjalised ülesanded. Juhatuse koosolekud toimuvad vastavalt vajadusele, kuid mitte harvemini kui 2 korda kvartalis.

Juhatuse koosseis (valitud ELL volikogu poolt 16.02.10 ja 24.05.2011):

Esimees: Taavi Aas, Tallinna Linnavalitus, abilinnapea

Aseesimehed:

Mihkel Juhkami, Rakvere Linnavolikogu, esimees
Mart Järvik, Järvakandi vald, vallavanem

Liikmed:

Kersti Sarapuu, Paide Linnavolikogu, esimees
Jaanus Karilaid, Haapsalu Linnavolikogu, esimees
Agu Kabrits, Tõrva Linnavalitsus, linnapea
Tarmo Loodus, Viljandi Liinnavolikogu, esimees

Liidu organisatoorset tööd ja jooksvat asjaajamist korraldab liidu büroo, mida juhib liidu tegevdirektor.

Vabariigi Valitsuse poolt moodustatud valitsuskomisjon (enne 2007 aastat Vabariigi Valitsuse ministeeriumidevahelise komisjoni) ja Omavalitsusliitude Koostöökogu delegatsiooni läbirääkimiste põhieesmärgiks on riigieelarve ja kohalike omavalitsusüksuste eelarvete kujundamise ning muud kohaliku omavalitsustega seotud küsimused. Läbirääkimiste poolteks on kohalike omavalitsuste esindajana Eesti Linnade Liidu ja Eesti Maaomavalitsuste Liidu poolt moodustatud Omavalitsusliitude Koostöökogu delegatsioon ning Vabariigi Valitsuse poolt moodustatud valitsuskomisjon.

ELL-i juurde on 1997. aastal asutatud liidu vanematekogu, et aidata kaasa liitude ja kohaliku omavalitsuse traditsioonide ning järjepidevuse kujundamisele, samuti loomaks paremaid sidemeid erinevatel aegadel liitudes ja kohalikus omavalitsuses osalenute vahel. 2003. aasta 12. detsembrist kannab nime Eesti Omavalitsusliitude Vanematekogu.

1925. aastal võeti ELL Rahvusvahelise Linnade Liidu (praegune Rahvusvaheline Kohalike Omavalitsuste Liit - IULA) liikmeks, liikmeksolek taastati 1995. aastal. 2001. aastast tegutseb nime all Ühinenud Linnad ja Kohalikud omavalitsused (United Cities and Local Governments - UCLG).

ELL teostab Euroopa Liidu suunalist poliitikat eelkõige läbi Regioonide Komitee (CoR), mis kindlustab kohalike ja regionaalsete omavalitsuste esindatuse Euroopa Liidus. ELL-i esindavad Regioonide Komitees neli põhiliiget ja kolm asendusliiget (ülejäänud liikmed valib komiteesse EMOL). Aastal 2005 avas Linnade Liit koostöös Eesti Maaomavalitsuste Liiduga Eesti kohaliku omavalitsuse üksuste üleriigiliste liitude Brüsseli esinduse.

Teiseks oluliseks institutsiooniks on Strasbourgis töötav Euroopa Nõukogu nõuandev organ - Euroopa Kohalike ja Regionaalsete Omavalitsuste Kongress (CLRAE), mille liikmete arvu määrab riigi rahvaarv ja esindajate arv Euroopa Nõukogu Parlamentaarses Assamblees. ELL-i esindavad üks põhiliige ja kaks asendusliiget.

Kolmandaks prioriteediks on osalemine Euroopa kõige esinduslikuma omavalitsusorganisatsiooni Euroopa Kohalike ja Regionaalsete Omavalitsuste Nõukogu (CEMR) töös. CEMR on ülemaailmse organisatsiooni Ühinenud Linnad ja Omavalitsused Euroopa alastruktuur. ELL kuulub CEMR-i liikmeskonda alates 1995. aastast.

Linnade Liit tegutseb "Kohaliku omavalitsuse üksuste liitude seaduse" alusel. Liidu ülesannete täitmist rahastatakse liikmemaksudest ja seaduses ettenähtud juhtudel riigieelarvelistest eraldistest.